Existuje deväť výziev, na ktoré sa treba zamerať pri začleňovaní probiotík do potravinových matríc. Sú to: 1. výber kmeňa, 2. produkcia kmeňa, 3. ako naočkovať potraviny, 4. ako zabezpečiť prežitie počas spracovania, 5. ako sa vyhnúť strate životaschopnosti počas skladovania, 6. ako vypočítať [Probiotiká] Počet kolónií 7. Účinky na senzorické vlastnosti potravín, 8. [Konzervácia produktu] stabilita v domácnostiach spotrebiteľov, 9. Hrajú úlohu v gastrointestinálnom trakte.
Konkrétne v šťavách organické kyseliny často znižujú pH produktu pod 4, čo bráni prežitiu probiotík. Pri výbere by sa mali zvážiť tie probiotiká, ktoré tolerujú nízke pH, ako napríklad Lactobacillus oproti Bifidobacterium.